Bereits im 15. Jahrhundert ist in den Quellen eine Kapelle der Weissenburg bezeugt.
1566-68 liessen der Einsiedler Fürstabt Joachim Eichhorn und der Pfäffiker Statthalter Wolfgang Kalchofner am Eingang der Schlossanlage ein freistehendes Gotteshaus mit einem angefügten Torbau errichten. Am 7. November 1568 fand die Weihe der Kapelle statt.
1606 baute man ein Türmchen, 1691-1696 wurde bereits eine grössere Renovation nötig. Eine zweite Barockisierung des Gotteshauses erfolgte 1780-85. Mit der Besetzung des Schlossareals durch die Truppen Napoléons 1798 wurde die Kapelle grösstenteils verwüstet, dass sich umfassende Erneuerungsarbeiten aufdrängten.
1892-95 erhielt das Innere unter Abt Basil Oberholzer und Statthalter Dominik Matter sein heutiges Gesicht, das bei seiner letzten Renovation 1928 einige Änderungen erfuhr. Bei der Renovation 1986-88 wurde der Zustand Ende des 19. Jahrhunderts im wesentlichen wiederhergestellt.
Vor der Restaurierung waren erhebliche statische Probleme zu lösen. Die Kapelle steht - wie der Schlossturm - aufgrund seiner Nähe zum See auf weichem, stark durchnässtem Baugrund und litt seit Jahrhunderten an immer wieder auftretenden Rissbildungen und Feuchtigkeitsschäden. Auch die schriftlichen Quellen sprechen von auffallend vielen Innenrenovationen. Neben Massnahmen gegen Feuchtigkeitsschäden wurde um die Kapelle eine Art "Stahlkorsett" gelegt, um ein künftiges Absenken des Baus zu verhindern: Man legte auf drei Ebenen - auf Höhe der Fundamente, unter den Fensterbänken und bei der Dachtraufe - Vorspannkabel mit 18 Tonnen Zug zusammen, was jedoch unter einer Netzarmierung und dem Verputz verborgen bleibt.
Die jüngste Restaurierung setzte sich zum Ziel, dieses einzigartige Beispiel eines fast vollständig von Einsiedler Klosterangehörigen geschaffenen Interieurs des Neubarocks als ganzes zu belassen. Damit wurde das Kapelleninnere nicht in seinen frühesten Zustand zurückversetzt. Im neubarocken Raum sind aber auch ältere Bauzeugnisse zu finden, so zum Beispiel die beiden wertvollen sogenannten Thesaurien zur Aufbewahrung von Messgeräten von 1567 in der Ostwand des Schiffs.
Mit ihrem Zwiebeltürmchen und den hohen Rundbogenfenstern erscheint die Schlosskapelle heute auf den ersten Blick als Barockbau. Überschreitet man jedoch auf der steinernen Brücke den Graben längs der Kapelle, fühlt man sich im Torbau ins Spätmittelalter versetzt: Spätgotische Steinmetzarbeit prägt die Halle, die zugleich Vorraum zur Kapelle und Eingangsraum mit Durchfahrt zur gesamten Schlossanlage und zur ehemaligen Wohnung im Obergeschoss ist.
Mit dem Schritt in die Kapelle vollzieht der Besucher einen Sprung von 300 Jahren in der Geschichte des Baus. Der Innenraum präsentiert sich mit seiner neubarocken Ausstattung als Kunstwerk des späten 19. Jahrhunderts.